Desastres naturais devastaram o Planeta Zi, matando quase todas as formas de vida. Mil anos depois, humanos restabeleceram aos poucos a civilização, recuperando Zoids antigos por meio de escavações. Numa vila em que o objeto mais precioso é uma espada gigante que eles adoram como um símbolo sagrado, um jovem garoto descobre um Zoid tipo Liger durante uma operação de resgate debaixo d“água. Com este Zoid ele desafiará as forças de Digald que querem dominar todo o planeta.