Toda criança merece uma infância divertida e despreocupada. Infelizmente, a vida nem sempre é justa, como é o caso de Mary Lennox. Em tenra idade, Mary perde os pais para uma doença, ficando traumatizada e órfã. Da Índia, ela é levada para a Inglaterra para viver com seu tio, que assume o papel de seu novo guardião. Embora triste pela perda dos pais, Mary fica feliz e grata por ter alguém para cuidar dela. Ela tem comida todos os dias e vive em uma grande mansão, coisas que ela entende que não devem ser dadas como certas. No entanto, seu tio é uma pessoa muito reservada, que mal fala com alguém. Essa solidão muitas vezes faz Mary ficar entediada a ponto de chorar, forçando-a a reviver memórias horríveis de seu passado. Enquanto desfruta de um passeio ao ar livre um dia, ela descobre um jardim secreto perto de sua casa. Junto com seus novos amigos, Dicon e Martha, e seu primo com deficiência, Collin, Mary embarca em uma jornada que certamente trará uma profunda transformação para sua vida monótona.