Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano remanescente no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tokyo-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado à sede da NERV, uma organização subterrânea liderada por seu pai distante, Gendou. Ele pede que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion", um androide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana restante. Embora inicialmente relutante, Shinji é convencido pela ideia de se reconciliar com seu pai e concorda em ajudar na perigosa empreitada da humanidade contra sua ameaça alienígena, como piloto da Unidade-01 Evangelion. Lançado no meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem e a determinação necessárias para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.