Com o fracasso da NERV em concretizar o Projeto de Instrumentalidade Humana e a contenção do Quarto Impacto, o mundo permanece em ruínas. Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami e Rei Ayanami buscam abrigo na Vila 3, um assentamento isolado onde sobreviventes tentam reconstruir o cotidiano longe dos horrores das batalhas. Nesse refúgio, Shinji confronta seus traumas e a possibilidade de uma existência comum, desvinculada de seu passado como piloto de Evangelion.

Contudo, a paz é efêmera. Enquanto a NERV articula um novo Impacto, a chegada da nau de combate WILLE obriga Shinji a decidir se deve retornar ao cockpit. Entre segredos revelados e o confronto iminente entre as facções, o futuro da humanidade pende por um fio, forçando o jovem a encarar o peso de suas escolhas em um último esforço para salvar o que resta do mundo.