O mundo de Duelo de Monstros está novamente evoluindo com o desenvolvimento de uma rede chamada Link Vrains e uma nova mecânica de Invocação introduzida como Invocação-Link. Ao usar este ciberespaço, duelistas podem agora criar seus próprios avatares e duelar em busca de glória dentro de uma realidade virtual. No entanto, assim como o mundo real, o mundo digital não está livre de guerra, conflito e mistérios. Anos atrás, uma organização hacker conhecida como Cavaleiros de Hanoi lançou um ataque contra Link Vrains. Liderados pelo anônimo Revolver, seu objetivo era aniquilar o programa de inteligência artificial conhecido como Cyberse. Após uma tentativa falha, um de seus alvos, Ignis, conseguiu escapar e esconder o Cyberse em algum lugar da rede. Cinco anos depois, o estudante do ensino médio Yuusaku Fujiki encontra um estranho programa de inteligência artificial enquanto duela em Link Vrains. Sob o disfarce de seu avatar chamado Playmaker, Yuusaku e seu parceiro, Shouichi Kusanagi, decidem unir forças com a existência peculiar. Enquanto busca a verdade por trás de um incidente misterioso do passado, Yuusaku batalha contra os Cavaleiros de Hanoi e a SOL Technologies em uma corrida que pode alterar o destino do mundo.