Em um futuro onde a humanidade desapareceu, a Terra é habitada por formas de vida cristalinas conhecidas como Gemas. Esses seres imortais, que possuem a forma humana, vivem sob a constante ameaça dos Lunares — habitantes da Lua que descem ao planeta para fragmentar as Gemas e utilizar seus corpos como joias ou ornamentos. Cada Gema possui uma função específica para garantir a sobrevivência do grupo, exceto Phosphophyllite, ou Phos, a mais jovem e frágil de todas.

Com uma dureza extremamente baixa, Phos é incapaz de participar das batalhas e recebe a tarefa de compilar uma enciclopédia natural. Frustrada com sua aparente inutilidade, a protagonista cruza o caminho de Cinnabar, uma Gema isolada que vive na noite devido ao mercúrio tóxico que seu corpo expele. Ao testemunhar a solidão de Cinnabar, Phos decide encontrar um propósito que possa salvar a si mesma e a sua nova companhia, dando início a uma transformação profunda em um mundo onde a existência é definida pela resiliência.