A realidade de Sayaka Miki desmorona conforme o peso de seu desejo se torna insuportável, transformando sua própria existência em desespero e corrupção. Enquanto o destino cruel das garotas mágicas é revelado — um ciclo onde a esperança inevitavelmente se converte em bruxas —, Homura Akemi luta contra o tempo, carregando o fardo de incontáveis linhas temporais na tentativa de evitar o pior.

No centro desse turbilhão, Kyuubey expõe suas verdadeiras intenções: usar a energia gerada por essas garotas para sustentar a própria existência do universo. Com a ameaça iminente da poderosa bruxa Walpurgisnacht, Madoka Kaname se vê diante de uma escolha impossível, dividida entre o desejo de proteger suas amigas e o destino trágico que parece selado para sempre.