Takashi Natsume, o jovem capaz de enxergar seres sobrenaturais, segue sua vida buscando um equilíbrio entre o mundo humano e o dos youkai. Ao lado de seu inseparável e rabugento guarda-costas, Madara — conhecido por todos como o inusitado Nyanko-sensei —, ele se vê mergulhado em uma nova crise quando é sequestrado por espíritos que cobiçam o Livro dos Amigos.

Essa situação coloca Natsume em rota de colisão direta com o temido Clã Matoba, forçando-o a confrontar traumas de sua infância e a lidar com as consequências das ações de sua avó, Reiko. É um momento de tensão onde a proteção daqueles que ama se torna o combustível para ele finalmente encarar os fantasmas de seu próprio passado.